ユニバーサルカウンターに内蔵された水晶発振器の周波数は、正しく調整されたのちに温度環境や経年変化によって発振周波数がずれる。恒温槽付水晶発振器(OCXO)は、温度による影響を最も少なくすることができる。
水晶振動子に微量な物質が付着すると、発振周波数が変動する。このため、水晶振動子は高気密で封止させており外部からの影響を受けないようにしている。しかし、内部の材料からの微量なガスの発生によって発振周波数が変動することがある。
タイムベースエラーは校正によって確認することができ、再調整を行うことにより誤差を減らすことは可能である。
タイムインターバル測定やパルス幅測定などの時、トリガーレベル誤差や入力のコンパレーターのヒステリシスの影響で生じる誤差が発生する。
トリガレベルタイミングエラーを少なくするためには、信号のスルーレートを速くするのがよい。
A入力とB入力を使うタイムインターバル測定などでは、2つの回路のスキュー誤差の影響が生じる。高分解能時間測定をする場合は影響が生じる場合がある。チャンネル間エラーはユニバーサルカウンターの仕様に規定されている。
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